Στο Τμήμα Μαγνητικής Τομογραφίας πραγματοποιούνται όλες οι βασικές αλλά και πιο εξειδικευμένες εξετάσεις, όπως:
Το Τμήμα του Μαγνητικού Τομογράφου διαθέτει τον υπερσύγχρονο μαγνητικό τομογράφο Magnetom Espree 1.5T. Ο τομογράφος αυτός έχει πολλά πλεονεκτήματα σε σύγκριση με άλλους του ιδίου είδους, με μεγάλη διάμετρο (70cm), η οποία παρέχει τουλάχιστον 30cm κενού χώρου πάνω από τον ασθενή, που είναι περίπου διπλάσια από τα ανάλογα μηχανήματα. Έχει επίσης πολύ μικρό μήκος (125cm) και έτσι επιτρέπει σε πολλές εξετάσεις να μένει το κεφάλι του ασθενή έξω από τον τομογράφο. Προσφέρει περισσότερη άνεση και μειωμένο άγχος κατά τη διάρκεια της εξέτασης. Σαν ο μόνος του είδους του στην Κύπρο είναι ιδανικός για κλειστοφοβικούς ασθενείς, όπως και υπέρβαρους (μέχρι 250kg), για παιδιά, ηλικιωμένους και ασθενείς με μειωμένη κινητικότητα.